重庆医科大学附属第二医院感染病科、重庆医科大学病毒性肝炎研究所、教育部感染性疾病分子生物学重点实验室胡鹏教授团队（第一作者：李世颖博士后，通讯作者：胡鹏教授）在英国感染协会官方杂志Journal of Infection（IF：38.637）上发表题为“Targeted Next Generation Sequencing is Comparable with Metagenomic Next Generation Sequencing in Adults with Pneumonia for Pathogenic Microorganism Detection”的高水平论文。该项工作是在重庆医科大学附属第二医院病毒性肝炎研究所和重庆金域检验、金圻睿生物公司进行的“以tNGS为代表的创新分子检测技术在临床转化及应用“的产学研合作项目的支持下完成的。后续希望能进一步完成覆盖感染、呼吸，ICU等学科，形成深入基层的、更大规模的研究。
研究论文简介：
肺部感染对人类生命健康造成严重威胁。近年来，宏基因检测技术高速发展。依据专家共识，mNGS目前广泛应用于包括呼吸道感染在内的多种感染性疾病的临床实践。但是，mNGS存在检测费用较高、宿主/人源比例偏低、无法同时进行DNA/RNA双流程检测等问题。因此，临床上期待更加可及、便利但同样精准的检测方法。我们设计了只包括153种呼吸道常见病原体，但却可覆盖95%临床场景的呼吸道病原微生物靶向检测技术tNGS，并比较它在临床实践中与mNGS的应用价值。
本研究对2021年02月-2021年07月期间在我院诊断为肺部感染的102名住院患者进行了研究。收集患者临床特征，住院期间的辅助检查结果，并采集血液样本和合格的下呼吸道样本，包括痰、BALF、胸腔积液和淋巴结组织。所有入选患者的合格下呼吸道样本同时进行mNGS和tNGS检测。首先，mNGS和tNGS对于合格下呼吸道样本的微生物检出率是相当的，并且我们数据中tNGS或mNGS检测到的微生物与公认的肺炎病原微生物分布整体一致。检测到的前两种细菌均是肺炎链球菌和流感嗜血杆菌。MTBC在tNGS中检出12例，在mNGS中检出6例；两种方法之间的检测效率没有显著差异。然而，从技术角度而言，在mNGS去除人类背景的过程中，可能会影响G-细菌、病毒和胞内细菌的检测率，从而导致较高的假阴性。从病毒的角度来分析，EB病毒是两种方法中检测到的头号病毒。大多数学者倾向于认为EB病毒是人类呼吸道定植的正常微生物之一；然而，这种一致的结果也证实了宏基因组检测技术的准确性和广泛覆盖性。此外，在tNGS中检测到20例鼻病毒A/B/C，但在mNGS中未检测到。这是因为鼻病毒A/B/C是RNA病毒，本研究中的mNGS测试仅进行了DNA检测流程。其他常见病毒，如流感和副流感病毒，在两种方法中都只检测到少量（仅1例），这可能与我们研究进行的时间不是流感流行季节有关。总之，我们的研究证实tNGS在呼吸道病原微生物检测方面的效能是与mGNS相当的，但其成本仅为后者的四分之一，因而值得临床推广应用。
论文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0163445322005059
