研究所瞄准国家中长期科学和技术发展规划的重大专项，针对传染病学学科发展前沿和重大科技问题，以病毒性肝炎相关疾病发病机制和临床治疗转归为主要研究内容，形成稳定的5个研究方向：

方向一：乙型病毒性肝炎的临床转归及相关发病机理研究。探讨病毒感染、宿主免疫应答和临床转归间的关系，为病毒性肝炎临床治疗提供新的思路。

方向二：乙肝表面抗原清除的新策略新机制研究。阐明慢性乙型肝炎病毒免疫耐受、病毒侵入与复制调控的关键环节及其作用机制，建立多种清除乙型肝炎病毒的新策略和新方法。

方向三：肝癌发病机理研究。应用各种组学技术对肝癌发病机理、肿瘤异质性，分子遗传学进行研究，寻找肿瘤治疗的靶向分子。

方向四：脂代谢紊乱与组织损害的分子机制研究。

方向五：感染与免疫。